История рукописи прослеживается с XVI века, а ее пергамент согласно исследованиям ученых был создан между 1404 и 1438 годами в эпоху раннего Возрождения. Свое название кодекс получил от имени антиквара Вильфреда Войнича, который приобрел ее в 1912 году. 

Так как алфавит рукописи не имеет визуальной схожести ни с одной известной системой письма, и текст до сих пор не расшифрован, единственная «зацепка» для определения возраста книги и её происхождения — иллюстрации. В частности, одежды и убранство женщин, а также пара за́мков на диаграммах. Иллюстрации рукописи пролили мало света на точную природу текста, но предполагается, что книга состоит из шести «разделов», разных по стилю и содержанию: ботанический, астрономический, биологический, космологический, фармацевтический и рецептный.

Интересно, что рукопись Войнича стала источником вдохновения для создания еще одной книги на неизвестном языке – кодекса Серафини. Это книга, написанная и проиллюстрированная итальянским архитектором и промышленным дизайнером Луиджи Серафини в конце 1970-х годов. Книга содержит приблизительно 360 страниц (в зависимости от издания) и является визуальной энциклопедией неизвестного мира, написанной на неизвестном языке с непонятным алфавитом.

Содержание кодекса также можно разделить по иллюстрациям. В первой главе изображены странные виды флоры, во второй – сюрреалистические животные, в третьей – представители неизвестной расы, в четвёртой главе – процесс неизвестной науки, скорее всего это физика или химия, в пятой главе изображена причудливая техника и странные механизмы и т.д.
На собрании Общества библиофилов Оксфордского университета 11 мая 2009 года Серафини утверждал, что в списке Кодекса нет скрытого смысла, он асемичен и написание его было скорее похоже на автоматическое письмо. Он хотел, чтобы его алфавит передавал читателю то же ощущение, что испытывает ребёнок, не умеющий читать и разглядывающий книгу, написанное в которой, как он знает, понятно взрослым.